Tous connaissent le héros du Temps, devenu célèbre pour avoir réussi à vaincre Ganondorf, il y a maintenant 7 ans. Ce dernier est emprisonné dans une sorte de dimension parallèle depuis lors, les sages ayant tous fait pour qu'il ne puisse ressortir, scellé à jamais par un puissant sceau, caché dans un lieu que personne n'est sensé connaître...

Mais la magie de la Princesse Zelda, à présent souveraine du Royaume à la place de son père, a été d'une telle puissance, que les sept années passées sous le règne du chaos ont été oublié par la plupart des habitants. Certains cependant s'en souvienne, aussi étrange que cela puisse paraître mais peu à peu, les souvenirs s'estompent doucement.

Mais cette paix n'a pas duré pas éternellement. Des rumeurs sur le retour de Ganondorf se sont répandues, évoquant sa présence dans une île volant dans le ciel d'Hyrule. Puis, de la Vallée Gerudo est arrivée la terrible nouvelle : le Seigneur du Malin avait repris son trône. Le pays semble sur le point de basculer à nouveau dans le Chaos.

Le Héros et la Princesse seront-ils assez forts pour repousser le mal une nouvelle fois ?